Nel 1998 la serie PX 125 venne aggiornata con l’introduzione del freno a disco anteriore nel modello M09; altre novità riguardarono il serbatoio del liquido dei freni posizionato sul manubrio (accanto alla leva del freno), la sospensione anteriore a molla scoperta, il mozzo, la sella arrotondata, il bordino dello scudo in plastica cromata, il fregio cromato del parafango ed il copriventola grigio metallizzato; la scritta “Vespa” in corsivo sullo scudo e sui cofani laterali.

L’anno seguente la PX si adeguò alle norme antinquinamento, adottando un catalizzatore a due vie con il modello M18 (solo per le cilindrate 125 e 150, mentre la 200 venne eliminata dalla gamma).

Nel 2000 in occasione del nuovo millennio venne prodotto un modello in serie limitata di 2000 pezzi PX Time 2000 con un colore azzurro argento sella di color azzurro bauletto in cuoio con logo piaggio a fuoco e specchietti cromati.

Nel 2001 la PX subì un restyling, in seguito al quale mutarono i fanali, la strumentazione, gli indicatori di direzione e la sella; venne inoltre reintrodotto il marchio Piaggio a scudetto.

La PX uscì di produzione alla fine del 2007 con la serie Vespa P125X Ultima Serie : il numero progressivo era indicato sulla targhetta rivettata sulla parte superiore sinistra del bauletto.

Nel 2008 il produttore indiano LML – approfittando della scadenza temporale della validità dei brevetti – iniziò a produrre la Star, un motociclo esteticamente identico alla Vespa, ma aggiornato alla normativa anti inquinamento Euro3: il successo di questo modello indusse la Piaggio a rivedere la sua scelta produttiva e a ripresentare al Salone di Milano del 2010 la PX, che rientrò in listino nel 2011 sia con l’avviamento elettrico che a pedale, oltre al freno anteriore a disco (motore omologato Euro3).

Da gennaio 2017, anno in cui anche la concorrente LML chiuse per insolvenza, la casa di Pontedera sospese definitivamente la produzione della PX125 per via dell’eccessivo costo nell’adeguamento alle nuove normative Euro4 (con l’obbligo di dotazione dell’ABS), a fronte dei numeri di vendita sempre più ridotti.